20种开源工具可帮助COVID-19治疗研究

政府,科学家和研究机构正在使用技术和创新来应对COVID-19.


已经开发了开放源代码工具,并且将继续对其进行一些测试,以支持为减少这种致命病毒的后果而进行的努力。.

一系列开放源代码工具已经到位,可以帮助研究人员了解该疾病,识别传播,防止传播并将最大传播和死亡人数降至最低。在 教育生态系统 概述了如何使用不同的工具.

本文介绍了一些用于监视,预防和遏制,诊断和治疗COVID-19的开源工具和库.

COVID-19跟踪地图

1月,JHU系统科学与工程中心启动了一项 COVID-19全球跟踪地图 迅速成为国际公认的实时大流行流行数据来源.

该地图是开放源代码,已被顶级媒体组织,小型组织和地方政府用于推动研究和可视化工作.

DXY-COVID-19-履带

DXY-COVID-19-Crawler是为响应1月的COVID-19而开发的最早的开源项目之一.

开发人员利用了DXY.cn的数据,该网站被中医用于报告和跟踪病例。他们开发了一个Web爬网程序,该爬网程序从站点收集了数据,并通过API和数据仓库使它们可用。该代码位于 Github.

开放数据套件

开放数据套件(ODK) 不是新工具。在2004年西非的埃博拉疫情和2019年的刚果民主共和国最近爆发期间,曾使用过它。.

它主要帮助用户在联系人跟踪,战略映射,决策支持,社区意识和案例管理中收集,管理和使用数据。.

ODK社区通过在其部署中提供报告表格,进一步提高了其对COVID-19的使用率。该表格是根据世界卫生组织的协议设计的,用于调查病例以及对联系人进行追踪和调查.

领先的开发人员还为部署了ODK以响应COVID-19的任何组织提供免费支持。.

下一株

下一株 跟踪病原体的进化。以前曾被用于计算疾病的家族史,因此可以预测疾病的进展.

它已成功用于以前的流行病,例如埃博拉病毒。通过来自全球共享所有流感数据倡议(Gisaid)的遗传数据,Nextxtrain被用于解决COVID-19.

DHIS2

你可能已经知道 DHIS2. 它是世界上最大的健康信息管理系统。它在70多个国家/地区使用。作为对COVID-19的回应的一部分,DHIS2发布了一个数字数据包,可加快感染的检测,报告,监视和治疗速度.

DHIS2数字数据包使用符合WHO关于COVID-19病例定义和监视协议的标准元数据,以实现快速部署和响应.

皮科巴西爪哇

印度尼西亚疾病与灾难信息和协调中心是一个危机应对中心,旨在缓解和响应印度尼西亚西爪哇省的COVID-19.

作为回应的一部分,Jabar Digital Service开发了一个 开源网络工具和应用 允许用户访问最新的COVID-19数据.

OpenMRS

OpenMRS是全球许多发展中国家使用的患者护理系统。由于其灵活性 OpenMRS系统, 医疗资源紧张的国家/地区可以将其用于COVID-19的监视,筛查和治疗.

该系统可以使他们获得有关应对危机的科学信息,从而帮助他们扩大能力.

OpenLMIS

OpenLMIS项目 利用以社区为中心的策略来开发开源和可调整的物流管理信息系统。 OpenLMIS系统旨在提高数据准确性,增强责任感,改善数据及时性和可见性.

OpenLMIS系统寻求增强健康供应链,医疗资源清单,以清楚地了解可用的医疗用品,包括测试套件和PPE(个人防护设备)。该工具可以有效地部署,以支持决策者分配资源以响应COVID-19.

卫生场所

全球卫生现场测绘项目 该项目旨在绘制世界上每一个医疗机构的地图,并使每家医院的详细信息均易于访问。通过API可访问有关卫生设施的数据.

通过与用户合作,healthsites.io团队可以捕获并验证每个医疗机构的位置和联系方式,并通过开放数据许可证免费提供和访问数据。.

索马斯

SORMAS(监测疫情应对管理分析系统)是一个开源的移动电子医疗系统。它已被部署用于实施疾病控制和疫情管理程序.

它已在加纳,尼日利亚,尼泊尔和斐济等多个国家有效部署,用于COVID-19监视和早期发现.

SORMAS是遵循数据保护标准的免费,开源系统.

东京COVID-19

与许多其他城市和政府不同, 东京都 已开发了一个开放源代码网站,可将其有关COVID-19的信息告知居民。通过开源,该网站已获得200多个用户的贡献。千叶,长野和福冈等其他三个城市也重新创建了该网站.

OpenELIS

目的 OpenELIS健康系统 通过提供基于标准的渐进式实验室信息管理系统来改善医疗保健,各种健康计划都可以使用该信息系统来改善治疗方案.

COVID-19疫情已成为全球追踪可疑病例的追踪和大规模检测的挑战。可以有效地将OpenELIS系统部署到应对COVID-19的应用中,以方便跟踪实验室测试和结果.

社区卫生工具包

社区卫生工具包 是开源工具和开放访问资源的集合,旨在建立和部署数字工具,以在难以触及的领域中用于社区卫生计划.

社区卫生工具包开发人员社区已动员开发工具和资源,旨在支持社区卫生工作者应对COVID-19.

铃音

COVID-19流行病的医院影响模型 (CHIME)是宾夕法尼亚大学Penn Medicine的数据科学家开发的开源应用程序。它是一种在线工具,使医院可以预测病毒对医疗资源的影响.

它是使用Python和pandas开源依赖项开发的.

COVID护理图

COVID护理图 帮助绘制已经存在的医疗资源,并预测医院病床,呼吸机,医疗用品和人员配备的差距。所有方法,数据处理工具,可视化和源代码都是免费的和开源的.

COVID护理图项目旨在预期并采取行动,以寻求支持,以有效护理迅速增长的COVID-19感染和需要重症监护的患者.

语言环境

Locale.ai为全球所有已确认的COVID-19病例开发了一种开源交互式可视化工具。它查询约翰·霍普金斯大学的开源数据集.

Locale.ai开发了 COVID-19可视化网站 通过使用Vue.js,这是一个流行的框架,允许开发人员创建现代的Web应用程序.

全球COVID-19

这个程序 利用地图可视化来监视COVID-19的传播,确诊的病例以及该病在全球的发展。它利用John Hopkins CSSE的数据.

冠状病毒追踪器

这是由John Coene开发的Shiny应用程序。它使用约翰·霍普金斯(John Hopkins),DXY数据和微信的数据跟踪COVID-19的传播。该应用程序按时间和地区显示可疑,已确认和已恢复病例的数量。该代码位于 Github.

COVID-19全球案例

COVID-19全球案例 是由Christoph Schoenenberger开发的Shiny应用程序,可在地图,地块,汇总表和图形上显示COVID-19的发展。它的代码可以在Github上找到.

政府和COVID-19

这是由开发的闪亮应用程序 塞巴斯蒂安·恩格尔·沃尔夫. 它绘制了COVID-19指数增长,两次感染的天数,确诊病例,死亡率以及不同地区每100,000人中确诊病例的数量。该代码在Github上可用.

包起来

开源社区已经对COVID-19大流行做出了快速有效的反应。已经建立并继续建立许多项目来应对疾病的传播。本文介绍了一些项目。未来几周该病如何发展仍不确定。更多可以利用现有开源技术的项目将在与这种致命疾病的斗争中找到一席之地.

注意安全!

教育生态系统首席执行官Michael J. Garbade博士的文章

Jeffrey Wilson Administrator
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