Regeringer, forskere og forskningsinstitutioner bruger teknologi og innovation til at tackle COVID-19.
Open source-værktøjer er blevet udviklet, og nogle testes fortsat for at understøtte den indsats, der er blevet anvendt for at minimere resultaterne af denne dødbringende virus.
Der findes allerede en række open source-værktøjer, der hjælper forskere med at lære om sygdommen, identificere spredningen, forhindre spredning og minimere yderligere spredning og dødsfald. En række projekter er tilgængelige på Uddannelsesøkosystem der skitserer, hvordan man bruger forskellige værktøjer.
Denne artikel ser på nogle af open source-værktøjer og biblioteker, der bruges til overvågning, forebyggelse og indeslutning, diagnose og behandling af COVID-19.
Contents
COVID-19 Tracking Map
I januar lancerede JHU’s Center for Systems Science and Engineering en COVID-19 Global sporingskort der hurtigt blev en internationalt betroet kilde til den udvikling af pandemiens data i realtid.
Kortet er open source og er brugt til magtforsknings- og visualiseringsindsats fra topmedieorganisationer, små organisationer og lokale myndigheder.
DXY-COVID-19-Crawler
DXY-COVID-19-crawler er et af de tidligste open source-projekter, der er udviklet til at svare på COVID-19 i januar.
Udviklerne brugte data fra DXY.cn, et websted, der blev brugt af kinesiske læger til at rapportere og spore sager. De udviklede en webcrawler, der indsamlede data fra webstedet og gjorde dem tilgængelige via et API og et datalager. Koden er tilgængelig på Github.
Åbn datakit
Open Data Kit (ODK) er ikke et nyt værktøj. Det er blevet brugt før under ebolaudbruddene i Vestafrika i 2004 og det nyere udbrud i Den Demokratiske Republik Congo i 2019.
Det hjælper hovedsageligt brugere med at indsamle, administrere og bruge data til kontaktsporing, strategisk kortlægning, beslutningsstøtte, samfundsfølsomhed og sagsstyring.
ODK-samfundet har yderligere avanceret sin brug som svar på COVID-19 ved at stille en rapporteringsformular til rådighed i sine implementeringer. Formularen er designet i henhold til Verdenssundhedsorganisationens protokol til efterforskning af sager og sporing af kontaktpersoner og efterforskning.
Lead-udviklerne tilbyder også gratis support til enhver organisation, der har implementeret ODK som svar på COVID-19.
Nextstrain
Nextstrain sporer udviklingen af patogener. Det har tidligere været brugt til at udarbejde familiehistorie for en sygdom, hvilket muliggør forudsigelse af sygdomsforløbet.
Det er med succes blevet brugt i tidligere epidemier, såsom ebola. Via genetiske data fra det globale initiativ om deling af alle influenzadata (Gisaid) bruges Nextxtrain til at tackle COVID-19.
DHIS2
Du ved sandsynligvis allerede DHIS2. Det er verdens største sundhedsinformationsstyringssystem. Det bruges i mere end 70 lande. Som en del af svaret på COVID-19 har DHIS2 frigivet en digital datapakke, der fremskynder påvisning, rapportering, overvågning og behandling af sygdommen.
DHIS2 digitale datapakke bruger standardmetadata, der er tilpasset WHOs protokol om COVID-19-sagsdefinition og -overvågning for at muliggøre hurtig implementering og respons.
Pikobar West Java
Indonesiens informations- og koordinationscenter for sygdom og katastrofe er et kriseaktionscenter, der er dannet for at afbøde og reagere på COVID-19 i West Java-provinsen Indonesien.
Jabar Digital Service har som en del af svaret udviklet en open source webværktøj og app der giver brugerne adgang til de nyeste COVID-19 data.
OpenMRS
OpenMRS er et patientplejesystem, der bruges i mange udviklingslande over hele verden. På grund af fleksibiliteten i OpenMRS-system, lande, der har haft deres sundhedsressourcer anstrengt, kan bruge dem til overvågning, screening og behandling af COVID-19.
Systemet kan hjælpe dem med at udvide deres kapacitet ved at give dem adgang til videnskabelig-baseret information om håndtering af krisen.
OpenLMIS
Det OpenLMIS-projekt bruger en samfundsfokuseret taktik til at udvikle en open source og et justerbart informationssystem for logistikstyring. OpenLMIS-systemet søger at forbedre datanøjagtighed, øge ansvarligheden, forbedre datatidlighed og synlighed.
OpenLMIS-systemet søger at forbedre sundhedsforsyningskæder, opgørelsen over medicinske ressourcer for at give et klart billede af de tilgængelige medicinske forsyninger, herunder testkits, og PPE’er (personlig beskyttelsesudstyr). Dette værktøj kan effektivt bruges til at støtte beslutningstagere i tildeling af ressourcer som et svar på COVID-19.
Healthsites
Det Global Healthsites Mapping Project er et projekt, der sigter mod at kortlægge alle sundhedsfaciliteter i verden og gøre detaljerne i hvert hospital let tilgængeligt. Dataene om sundhedsfaciliteter er gjort tilgængelige via en API.
Ved at samarbejde med brugerne fanger og validerer healthsites.io-teamet placeringen og kontaktoplysningerne for hvert sundhedsfacilitet og gør dataene frit tilgængelige og tilgængelige via en Open Data License.
SORMAS
SORMAS (System til overvågning af udbrudsresponsstyring og -analyse) er et open source mobilt e-sundhedssystem. Det er blevet anvendt til at implementere sygdomsbekæmpelse såvel som procedurer for håndtering af udbrud.
Det er blevet implementeret effektivt i flere lande, herunder Ghana, Nigeria, Nepal og Fiji, til COVID-19-overvågning og tidlig opdagelse.
SORMAS er et gratis open source-system, der følger databeskyttelsesstandarder.
Tokyo COVID-19
I modsætning til mange andre byer og regeringer, Tokyo Metropolitan Government har udviklet et open source-websted, der informerer beboerne om COVID-19. Ved at gøre det open source har webstedet set bidrag fra over 200 brugere. Tre andre byer, Chiba, Nagano og Fukuoka, har gendannet webstedet.
OpenELIS
Formålet med OpenELIS sundhedssystem er at forbedre sundhedsvæsenet ved at tilvejebringe et progressivt, standardbaseret laboratorieinformationsstyringssystem, der kan bruges af forskellige sundhedsinitiativer til at forbedre behandlingsmuligheder.
COVID-19-udbruddet har præsenteret en global udfordring med kontaktsporing og massetestning af mistænkte sager. OpenELIS-systemet kan effektivt bruges til at tackle COVID-19 for at lette sporing af laboratorietest og -resultater.
Community Health Toolkit
Det Community Health Toolkit er en samling af open source-værktøjer såvel som open access-ressourcer, der sigter mod at opbygge og implementere digitale værktøjer til brug i samfundets sundhedsinitiativer i områder, der er svære at nå.
Community Developer Toolkit-udviklerfællesskabet har mobiliseret sig til at udvikle værktøjer og ressourcer, der sigter mod at støtte samfundets sundhedsarbejdere til at tackle COVID-19.
DØRKLOKKE
Det COVID-19 Hospitalets virkningsmodel for epidemier (CHIME) er en open source-applikation udviklet af dataforskere ved Penn Medicine – University of Pennsylvania. Det er et online-værktøj, der gør det muligt for hospitaler at forudsige virkningen af virussen på sundhedsressourcer.
Det er udviklet ved hjælp af Python og pandas open source-afhængighed.
COVID-plejekort
Det COVID-plejekort hjælper med at kortlægge de allerede eksisterende sundhedsressourcer og i at forudsige huller i hospitalssenge, ventilatorer, medicinsk udstyr og personale. Alle metoder, databehandlingsværktøjer, visualiseringer og kildekode er gratis og open source.
COVID Care Map-projektet søger at foregribe og handle for at indkalde støtte til effektivt at pleje det hurtigt voksende antal COVID-19-infektioner og dem, der har behov for intensiv pleje.
Locale.ai
Locale.ai har udviklet en open source, interaktiv visualisering af alle bekræftede tilfælde af COVID-19 over hele kloden. Det forespørger open source-datasættet fra John Hopkins University.
Locale.ai udviklede COVID-19-visualiseringswebsted ved hjælp af Vue.js, som er en populær ramme, der giver udviklere mulighed for at oprette moderne webapps.
COVID-19 overalt i verden
Denne app gør brug af en kortvisualisering til at overvåge spredningen af COVID-19, de bekræftede tilfælde og udviklingen af sygdommen over hele kloden. Den gør brug af data fra John Hopkins CSSE.
Dette er en skinnende app udviklet af John Coene. Det sporer spredningen af COVID-19 ved brug af data fra John Hopkins, DXY-data og Weixin. Appen viser antallet af mistænkte, bekræftede og gendannede sager efter tid og område. Koden er tilgængelig på Github.
COVID-19 Globale sager
COVID-19 Globale sager er en skinnende app udviklet af Christoph Schoenenberger, der viser udviklingen af COVID-19 på et kort, plot, sammenfattende tabeller og figurer. Dens kode er tilgængelig på Github.
Regeringer og COVID-19
Dette er en skinnende app udviklet af Sebastian Engel-Wolf. Det kortlægger COVID-19 eksponentiel vækst, dage til dobbelt infektion, bekræftede tilfælde, dødelighed og antallet af bekræftede tilfælde per 100.000 mennesker i forskellige regioner. Koden er tilgængelig på Github.
Afslutter
Open-source-samfundet har reageret hurtigt og effektivt på COVID-19-pandemien. Mange projekter er blevet bygget og fortsættes med at blive bygget til at tackle spredningen af sygdommen. Denne artikel beskriver nogle af projekterne. Der er stadig usikkerhed om, hvordan sygdommen vil udvikle sig i de kommende uger. Flere projekter, der kan udnytte de eksisterende open source-teknologier, vil finde et sted i kampen mod denne dødbringende sygdom.
Pas på dig selv!
Artikel af Dr. Michael J. Garbade, CEO, Education Ecosystem
