20 Інструменти з відкритим кодом можуть допомогти COVID-19 Cure Research

Уряди, вчені та науково-дослідні установи використовують технології та інновації для вирішення проблеми COVID-19.

Інструменти з відкритим кодом були розроблені, а деякі продовжують перевірятись на підтримку зусиль, спрямованих на мінімізацію результатів цього смертельного вірусу.

Вже існує низка інструментів з відкритим кодом, які допомагають дослідникам дізнатися про захворювання, ідентифікувати поширення, запобігати поширенню та мінімізувати подальше поширення та смерть. Спектр проектів доступний на сайті Екосистема освіти що визначає, як використовувати різні інструменти.

У цій статті розглянуто деякі інструменти та бібліотеки з відкритим кодом, які використовуються для моніторингу, профілактики та стримування, діагностики та лікування COVID-19.

Карта відстеження COVID-19

У січні Центр системної науки та інженерії JHU запустив: COVID-19 Global Tracking Map Це швидко стало міжнародною довірою джерела даних пандемії, що розвиваються в режимі реального часу.

Карта є відкритим кодом і використовувалася для розширення зусиль для досліджень та візуалізації вищими медіа-організаціями, малими організаціями та органами місцевого самоврядування.

DXY-COVID-19-Гусеничний

DXY-COVID-19-Crawler – один з найдавніших проектів з відкритим кодом, розроблений для відповіді на COVID-19 у січні.

Розробники використовували дані з DXY.cn, веб-сайту, який використовували китайські медики для звітування та відстеження випадків. Вони розробили веб-сканер, який збирав дані з сайту та робив їх доступними через API та сховище даних. Код доступний на Гітуб.

Відкрити комплект даних

Відкритий набір даних (ODK) не є новим інструментом. Він застосовувався раніше під час спалахів еболи у Західній Африці у 2004 році та останніх спалахів у Демократичній Республіці Конго в 2019 році.

Він в основному допомагає користувачам збирати, керувати та використовувати дані для пошуку контактів, стратегічного картографування, підтримки прийняття рішень, сенсибілізації громади та управління справами..

Спільнота ODK додатково розширила своє використання у відповідь на COVID-19, зробивши доступною форму звітів у своїх розгортаннях. Форма розроблена відповідно до протоколу Всесвітньої організації охорони здоров’я для розслідування випадків та пошуку контактів та розслідувань.

Провідні розробники також пропонують безкоштовну підтримку для будь-якої організації, яка розгорнула ODK у відповідь на COVID-19.

Nextstrain

Nextstrain відстежує еволюцію збудників хвороб. Раніше він використовувався для опрацювання сімейної історії хвороби, що дозволяє передбачити прогресування захворювання.

Він успішно застосовувався в попередніх епідеміях, таких як Ебола. За допомогою генетичних даних Глобальної ініціативи щодо обміну всіма даними про грип (Gisaid) Nextxtrain використовується для боротьби з COVID-19.

DHIS2

Ви, мабуть, уже знаєте DHIS2. Це найбільша у світі система управління інформацією про здоров’я. Його використовують у більш ніж 70 країнах. У рамках відповіді на COVID-19 DHIS2 випустив пакет цифрових даних, який прискорює виявлення інфекції, повідомлення про них, спостереження та лікування захворювання.

Цифровий пакет даних DHIS2 використовує стандартні метадані, які узгоджуються з протоколом ВООЗ щодо визначення випадків і спостереження COVID-19 для швидкого розгортання та реагування.

Пікобар Західна Ява

Інформаційно-координаційний центр з питань хвороб та катастроф Індонезії є центром реагування на кризи, створеним для пом’якшення та реагування на COVID-19 у провінції Індонезія Західна Ява..

Цифрова служба Jabar, як частина відповіді, розробила протокол веб-інструмент та додаток із відкритим кодом що дозволяє користувачам отримувати доступ до останніх даних COVID-19.

OpenMRS

OpenMRS – система обслуговування пацієнтів, яка використовується у багатьох країнах, що розвиваються по всьому світу. Завдяки гнучкості Система OpenMRS, країни, у яких напружені медичні ресурси, можуть використовувати його для спостереження, скринінгу та лікування COVID-19.

Система може допомогти їм розширити свої можливості, надаючи їм доступ до науково обґрунтованої інформації щодо подолання кризи.

OpenLMIS

The Проект OpenLMIS використовує тактику, орієнтовану на громаду, для розробки відкритого джерела та регульованої інформаційної системи управління логістикою. Система OpenLMIS прагне покращити точність даних, підвищити підзвітність, покращити своєчасність даних та видимість.

Система OpenLMIS має на меті покращити ланцюги постачання медичних продуктів, інвентаризацію медичних ресурсів, щоб забезпечити чітке уявлення про наявні медичні засоби, включаючи набори для тестування та ЗІЗ (засоби індивідуального захисту). Цей інструмент може бути ефективно застосований для підтримки осіб, які приймають рішення, у розподілі ресурсів як відповідь на COVID-19.

Медичні сайти

The Глобальний проект картографії охорони здоров’я це проект, спрямований на складання карти кожного медичного закладу у світі та забезпечення доступності деталей кожної лікарні. Дані про заклади охорони здоров’я стали доступними через API.

Співпрацюючи з користувачами, команда Healthsites.io фіксує та підтверджує місцезнаходження та контактні дані кожного медичного закладу та робить дані вільно доступними та доступними через Ліцензію відкритих даних.

СОРМАС

SORMAS (Система управління та аналізу реакцій спалаху спостереження) є мобільною системою електронного здоров’я з відкритим кодом. Він був розгорнутий для здійснення контролю над захворюваннями, а також процедур управління спалахами.

Він був ефективно розгорнутий у кількох країнах, включаючи Гану, Нігерію, Непал та Фіджі, для спостереження та раннього виявлення COVID-19.

SORMAS – це безкоштовна система з відкритим кодом, яка відповідає стандартам захисту даних.

Токіо COVID-19

На відміну від багатьох інших міст та урядів Столичний уряд Токіо розробив веб-сайт з відкритим кодом, який інформує своїх мешканців про COVID-19. Зробивши його з відкритим кодом, сайт побачив внески понад 200 користувачів. Три інші міста, Чиба, Нагано та Фукуока, відтворили веб-сайт.

OpenELIS

Мета роботи Система охорони здоров’я OpenELIS – вдосконалити охорону здоров’я шляхом надання прогресивної, заснованої на стандартах, системи управління лабораторною інформацією, яка може бути використана різними ініціативами в галузі охорони здоров’я для покращення варіантів лікування.

Спалах COVID-19 поставив перед собою глобальну проблему відстеження контактів та масового тестування підозрюваних випадків. Система OpenELIS може ефективно застосовуватися для боротьби з COVID-19 для полегшення відстеження лабораторних тестів та результатів.

Інструментарій охорони здоров’я громади

The Інструментарій охорони здоров’я громади це сукупність інструментів з відкритим кодом, а також ресурсів із відкритим доступом, які спрямовані на створення та розгортання цифрових інструментів для використання в ініціативах охорони здоров’я громади в важкодоступних областях.

Спільнота розробників інструментів охорони здоров’я для громади була залучена для розробки інструментів та ресурсів, спрямованих на підтримку медичних працівників громади у боротьбі з COVID-19.

ДІМ

The Модель впливу на епідемію лікарні COVID-19 (CHIME) – це програма з відкритим кодом, розроблена вченими даних Медицини Пенна – Університету Пенсільванії. Це онлайн-інструмент, який дозволяє лікарням передбачити вплив вірусу на ресурси охорони здоров’я.

Він розроблений за допомогою Python та залежності від відкритих джерел панд.

Карта догляду за COVID

The Карта догляду за COVID допомагає в картографуванні вже існуючих ресурсів охорони здоров’я та прогнозуванні прогалин у лікарняних ліжках, вентиляторах, медичних витратах та обслуговуванні персоналу. Усі методи, засоби обробки даних, візуалізації та вихідний код є безкоштовними та відкритими.

Проект COVID Care Map передбачає передбачити та діяти, щоб викликати підтримку для ефективного догляду за швидко зростаючою кількістю інфекцій COVID-19 та людей, які потребують інтенсивної терапії.

Locale.ai

Locale.ai розробив відкриту інтерактивну візуалізацію всіх підтверджених випадків COVID-19 по всьому світу. Він запитує набір даних з відкритим кодом від університету Джона Хопкінса.

Locale.ai розробив Веб-сайт візуалізації COVID-19 за допомогою Vue.js, який є популярною основою, яка дозволяє розробникам створювати сучасні веб-додатки.

COVID-19 по всьому світу

Ця програма використовує візуалізацію карти для моніторингу поширення COVID-19, підтверджених випадків та розвитку захворювання по всьому світу. Він використовує дані John Hopkins CSSE.

Коронавірусний трекер

Це блискуче додаток, розроблене Джоном Коеном. Він відстежує поширення COVID-19 за допомогою даних Джона Хопкінса, даних DXY та Weixin. Додаток показує кількість підозрюваних, підтверджених та відновлених справ за часом та регіоном. Код доступний на Гітуб.

COVID-19 Глобальні справи

COVID-19 Глобальні справи це блискуче додаток, розроблене Крістофом Шененбергером, яке показує розвиток COVID-19 на карті, графіках, зведених таблицях та малюнках. Його код доступний на Github.

Уряди та COVID-19

Це блискуче додаток, розроблене компанією Себастьян Енгель-Вовк. Він відображає експоненціальний ріст COVID-19, дні подвійного зараження, підтверджені випадки, рівень смертності та кількість підтверджених випадків на 100000 людей у ​​різних регіонах. Код доступний на Github.

Підведенню

Спільнота з відкритим кодом швидко та ефективно реагувала на пандемію COVID-19. Багато проектів було розроблено та продовжує будуватися для подолання поширення хвороби. У цій статті описані деякі проекти. Досі існує невизначеність щодо того, як буде прогресувати захворювання протягом найближчих тижнів. Більше проектів, які можуть використовувати існуючі технології з відкритим кодом, знайдуть місце в боротьбі з цією смертельною хворобою.

Залишатися в безпеці!

Стаття доктора Майкла Дж. Гарбаде, генерального директора, освітня екосистема